Орталықтың Патологоанатомиялық бөлімшесі Орталықтың оңаша типтік ғимаратында орналасқан және әлемдік стандарттарға сәйкес келетін «CARL ZEISS» фирмасының заманауи аппаратымен жабдықталған.
Бөлімше екі құрылымдық бөлімнен тұрады: патоморфологиялық зертхана (экспресс-биопсияны зертханалық зерттеу, иммунолюминисцентті, гистохимиялық және цитоморфологиялық зертханалар) және мәйітхана.
Патологоанатомиялық бөлімшенің басым бағыттары тірі пациенттен алынған операциялық-биопсиялық биоматериалды әртүрлі құрылымдық деңгейлерде (тіндік, жасушалық, биохимиялық) зерттеу болып табылады. Бөлімше базасында Қазақстанда алғаш рет ОЖЖ ісіктерін экспресс-әдіспен интраоперациялық патоморфологиялық зерттеу енгізілді. Бөлімшедегі зерттеулердің негізгі әдістері: макроскопиялық, гистологиялық (люминесцентті, поляризациялық және фазалы-контрасты микроскопия), гистохимиялық, цитоморфологиялық және микробиологиялық.
Зертханаларда гликоген, липид, муцин, темір, меланин, мыс, аргирофильді, иілімді және коллагенді талшықтарды анықтайтын гистохимиялық зерттеулер жүргізілді. ОЖЖ микоздарын люминисцентті, поляризациялық және фазалы-контрасты микроскопиямен зерттеу әдістемелері, флюоресцирацияланушы антидене әдісімен саңырауқұлақшаларды анықтау енгізілуде.
Бөлімшеде келесі зерттеулер мен қызметтер көрсетіледі:
1) Патологиялық процесстердің барлық түрлерін дәстүрлі және экспресс (шұғыл) әдістермен, күрделі биопсиялар-әртүрлі органдардың қатерлі ісіктерін диагностикалау және диф/диагностикалау, гепато - және нефробиопсия, тері, анабез, бұлшықет және сүйек тіні биопсиясы енетін патоморфологиялық диагностика. Кальцисіздендіру заманауи әдісінің арқасында сүйек тінін зертеу 10 күннен 1 күнге дейін қысқартылды. ПАБ-не биоматериал келіп түскеннен кейін 1-3 күн өткен соң гистологиялық препараттардың суреттері бар қорытынды беріледі. Экспресс-биопсия қорытындысы биоматериал бөлімшеге келіп түскеннен кейін 15-20 минутта беріледі.
2) Романовский-Гимза, Папаниколау бойынша реңктерді қолданумен пункциялық биоматериалды цитоморфологиялық зерттеу;
3) орталық жүйке жүйесі ісіктерін зерттеудің иммуногистохимиялық әдісі;
4) қайтыс болғандардың денелерін патологоанатомиялық ашу;
5) әдет-ғұрып қызметтері.
Бөлімше меңгерушісі - Жетпісбаев Берік Барлыбайұлы, жоғары санатты дәрігер-патологоанатом.